در سیستم های جدیدتر مرغداری های صنعتی از سیستم تهویه مکانیکی یعنی فن و تهویه مصنوعی استفاده می شود. این سیستم هوای تازه مرغداری را وارد و هوای آلوده را خارج می کند. سیستم تهویه مکانیکی به دوصورت فشار مثبت و فشار منفی وجود دارد.

• تهویه فشار مثبت یا دمنده (positive air pressure) :
  
  تهویه با فشار مثبت یعنی وارد کردن هوای تازه از بیرون به داخل مرغداری از طریق یک فن برای ایجاد فشار مثبت و سپس تخلیه هوای نامطبوع از طریق دریچه ای در طرف دیگر. درواقع در تهویه فشار مثبت فن هوای تمیز و تازه بیرون را به داخل میکشد. این روش عموماً در زمستان به دلیل استفاده از بخاری به کارگرفته می شود، در غیراینصورت از فن تهویه فشار مثبت استفاده نمی شود.

• تهویه فشار منفی یا مکنده (Negative Air Pressure) :

تهویه با فشار منفی یعنی هوای تازه از ورودی هوا به داخل جریان دارد، از داخل مرغداری عبور می کند و هوای آلوده توسط فن تخلیه می شود. در واقع اصل تهویه به این صورت است که با روشن شدن هواکش فن فشار منفی، فشار هوا در سالن مرغداری کمی کمتر از بیرون می شود. یعنی ف نها هوا آلوده مرغداری را خارج می کند. در واقع طراحی موقعیت نصب فن خروجی فشار منفی مستلزم آن است که حجم هوای خروجی کمی بیشتر از حجم هوای ورودی باشد. یعنی فشار هوا در مرغداری کمی کمتر از بیرون باشد تا هوای تازه خارج از سالن به طور خودکار تحت تأثیر فشار منفی به داخل جریان یابد. این نوع تهویه معمولا در تمام مرغداری های مدرن پرورش مرغ فعلی استفاده می شود. در خنک سازی فار مها رو شهای مختلفی به روش تهویه فشار منفی وجود دارد که از آن جمله می توان به تهویه متقاطع، تهویه عرضی و تهویه طولی اشاره کرد.